![Patrick Hardinge](https://profiles-cardiff.imgix.net/attachments/1049?w=200&h=200&auto=format&crop=faces&fit=crop&q=90")
Dr Patrick Hardinge
Timau a rolau for Patrick Hardinge
Cymrawd Ymchwil
Trosolwyg
Fy mhrif ddiddordeb yw canfod symiau olion o DNA mewn samplau biolegol. Mae hyn yn deillio o'r blynyddoedd a dreuliais yn gweithio fel Gwyddonydd Fforensig a dilyn egwyddor sylfaenol gwyddoniaeth fforensig bod 'pob cyswllt yn gadael olrhain'. Rwy'n arbenigo mewn cymhwyso ymhelaethiad DNA isothermol, ymhelaethiad dolen yn bennaf (LAMP), i gynyddu'r DNA targed olrhain i lefel sy'n ganfyddadwy. Rwy'n gweithio'n bennaf gyda chanfod bioluminescent ac mae gennyf gydweithrediad hirsefydlog gydag ERBA MDX yn Nhrelái, Swydd Gaergrawnt ac rwy'n defnyddio ystod o dechnegau delweddu i ddelweddu a chofnodi'r canlyniadau. Rwyf hefyd wedi datblygu ac ymchwilio i ddulliau canfod fflwroleuol amgen ar gyfer ymhelaethu DNA LAMP sydd wedi'u cyhoeddi'n ddiweddar.
Mae fy mhrosiect ymchwil presennol yn fy ngalluogi i archwilio meysydd newydd gyda chydweithrediad cyffrous ym Mhrifysgol Caerdydd gyda'r Ysgolion Fferylliaeth a Pheirianneg, i ddefnyddio microhylifeg i gynhyrchu defnynnau a chelloedd artiffisial sy'n cynnwys adwaith ymhelaethu DNA bioluminescent. Mae sefydlogrwydd y defnynnau unffurf lluosog yn agor y posibilrwydd o feintioli LAMP digidol ac mae'r adwaith bioluminescent yn caniatáu inni astudio'r celloedd artiffisial.
Hefyd yn y prosiect rwyf wedi datblygu sgiliau dilyniannu a biowybodeg wrth gynulliad de novo llyngyr sydd o ddiddordeb milfeddygol cynyddol yn y DU. Prif nod y gwaith hwn yw datblygu prawf penodol, sensitif i ganfod yr haint hwn a chyfuno'r ymchwil hon â chynhyrchu defnynnau microhylifeg a chanfod ymhelaethu.
Cefnogir fy ymchwil gan raglen Sêr Cymru II Llywodraeth Cymru sy'n cael ei hariannu'n rhannol gan Brifysgol Caerdydd a Swyddfa Cyllid Ewropeaidd Cymru (WEFO) o dan Gronfa Datblygu Rhanbarthol Ewrop (ERDF).
Cyhoeddiad
2023
- Nan, X. et al. 2023. VarLOCK: sequencing-independent, rapid detection of SARS-CoV-2 variants of concern for point-of-care testing, qPCR pipelines and national wastewater surveillance. Scientific Reports 13 (1) 20832. (10.1038/s41598-023-47289-0)
- Hardinge, P. 2023. Molecular beacons - loop-mediated amplification (MB-LAMP). In: Shavrukov, Y. ed. Plant Genotyping: Methods and Protocols. Vol. 2638, Methods in Molecular Biology New York, US: Springer. , pp.289-299. (10.1007/978-1-0716-3024-2_20)
2022
- Hardinge, P. 2022. Optimized loop-mediated isothermal amplification (lamp) allows single copy detection using bioluminescent assay in real time (bart). In: Kim, S. ed. Bioluminescence: Methods and Protocols. Vol. 2524, Springer. , pp.107-117. (10.1007/978-1-0716-2453-1_8)
- Nan, X. et al., 2022. VarLOCK - sequencing independent, rapid detection of SARS-CoV-2 variants of concern for point-of-care testing, qPCR pipelines and national wastewater surveillance. [Online].medRxix: (10.1101/2022.01.06.21268555)Available at: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.06.21268555v1.
2020
- Hardinge, P. et al. 2020. Bioluminescent detection of isothermal DNA amplification in microfluidic generated droplets and artificial cells. Scientific Reports 10 (1) 21886. (10.1038/s41598-020-78996-7)
- Hardinge, P. and Murray, J. A. H. 2020. Full dynamic range quantification using loop-mediated amplification (LAMP) by combining analysis of amplification timing and variance between replicates at low copy number. Scientific Reports 10 916. (10.1038/s41598-020-57473-1)
2019
- Hardinge, P. and Murray, J. A. H. 2019. Lack of specificity associated with using molecular beacons in loop mediated amplification assays. BMC Biotechnology 19 55. (10.1186/s12896-019-0549-z)
- Hardinge, P. and Murray, J. A. H. 2019. Reduced false positives and improved reporting of loop-mediated isothermal amplification using quenched fluorescent primers. Scientific Reports 9 7400. (10.1038/s41598-019-43817-z)
2018
- Hardinge, P. et al. 2018. Optimised LAMP allows single copy detection of 35Sp and NOSt in transgenic maize using Bioluminescent Assay in Real Time (BART). Scientific Reports 8 17590. (10.1038/s41598-018-36207-4)
2014
- Hardinge, P. 2014. Low copy number quantification of DNA utilising Loop-mediated Amplification (LAMP) with Bioluminescent Assay in Real-Time (BART) reporter. PhD Thesis , Cardiff University.
2013
- Hardinge, P. et al. 2013. Optimisation of choline testing using Florence Iodine reagent, including comparative sensitivity and specificity with PSA and AP tests. Science & Justice 53 (1), pp.34-40. (10.1016/j.scijus.2012.03.004)
2012
- Kiddle, G. et al., 2012. GMO detection using a bioluminescent real time reporter (BART) of loop mediated isothermal amplification (LAMP) suitable for field use. BMC Biotechnology 12 15. (10.1186/1472-6750-12-15)
Articles
- Nan, X. et al. 2023. VarLOCK: sequencing-independent, rapid detection of SARS-CoV-2 variants of concern for point-of-care testing, qPCR pipelines and national wastewater surveillance. Scientific Reports 13 (1) 20832. (10.1038/s41598-023-47289-0)
- Hardinge, P. et al. 2020. Bioluminescent detection of isothermal DNA amplification in microfluidic generated droplets and artificial cells. Scientific Reports 10 (1) 21886. (10.1038/s41598-020-78996-7)
- Hardinge, P. and Murray, J. A. H. 2020. Full dynamic range quantification using loop-mediated amplification (LAMP) by combining analysis of amplification timing and variance between replicates at low copy number. Scientific Reports 10 916. (10.1038/s41598-020-57473-1)
- Hardinge, P. and Murray, J. A. H. 2019. Lack of specificity associated with using molecular beacons in loop mediated amplification assays. BMC Biotechnology 19 55. (10.1186/s12896-019-0549-z)
- Hardinge, P. and Murray, J. A. H. 2019. Reduced false positives and improved reporting of loop-mediated isothermal amplification using quenched fluorescent primers. Scientific Reports 9 7400. (10.1038/s41598-019-43817-z)
- Hardinge, P. et al. 2018. Optimised LAMP allows single copy detection of 35Sp and NOSt in transgenic maize using Bioluminescent Assay in Real Time (BART). Scientific Reports 8 17590. (10.1038/s41598-018-36207-4)
- Hardinge, P. et al. 2013. Optimisation of choline testing using Florence Iodine reagent, including comparative sensitivity and specificity with PSA and AP tests. Science & Justice 53 (1), pp.34-40. (10.1016/j.scijus.2012.03.004)
- Kiddle, G. et al., 2012. GMO detection using a bioluminescent real time reporter (BART) of loop mediated isothermal amplification (LAMP) suitable for field use. BMC Biotechnology 12 15. (10.1186/1472-6750-12-15)
Book sections
- Hardinge, P. 2023. Molecular beacons - loop-mediated amplification (MB-LAMP). In: Shavrukov, Y. ed. Plant Genotyping: Methods and Protocols. Vol. 2638, Methods in Molecular Biology New York, US: Springer. , pp.289-299. (10.1007/978-1-0716-3024-2_20)
- Hardinge, P. 2022. Optimized loop-mediated isothermal amplification (lamp) allows single copy detection using bioluminescent assay in real time (bart). In: Kim, S. ed. Bioluminescence: Methods and Protocols. Vol. 2524, Springer. , pp.107-117. (10.1007/978-1-0716-2453-1_8)
Thesis
- Hardinge, P. 2014. Low copy number quantification of DNA utilising Loop-mediated Amplification (LAMP) with Bioluminescent Assay in Real-Time (BART) reporter. PhD Thesis , Cardiff University.
Websites
- Nan, X. et al., 2022. VarLOCK - sequencing independent, rapid detection of SARS-CoV-2 variants of concern for point-of-care testing, qPCR pipelines and national wastewater surveillance. [Online].medRxix: (10.1101/2022.01.06.21268555)Available at: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.06.21268555v1.
Bywgraffiad
Cyn fy PhD ym Mhrifysgol Caerdydd, treuliais dros ddegawd yn gweithio fel Gwyddonydd Fforensig ym maes ymchwil a datblygu ac ar achosion ar gyfer y system cyfiawnder troseddol yn y Gwasanaeth Gwyddoniaeth Fforensig. Yn ystod fy PhD ac ymchwil ôl-ddoethurol ddilynol ym Mhrifysgol Caerdydd, canolbwyntiais ar feintioli DNA gyda chanfod fflwroleuol a bioluminescent.
Prosiect Cymrodoriaeth Sêr Cymru II:
Datblygu, gwerthuso a dilysu dyfais microhylifol ar gyfer canfod pathogenau gan ddefnyddio ymhelaethu DNA isothermol a chanfod bioluminescent. (Bioleg Moleciwlaidd)
Mae'r prosiect yn cyfuno ymhelaethu isothermol moleciwlau DNA targed gyda'r assay bioluminescent mewn amser real (BART), mewn cydweithrediad ag ERBA MDX, gan ddefnyddio biocemeg sy'n deillio o fireflies. Arweiniodd fy ymchwil PhD ac ôl-ddoethurol fi at ganfod a meintioli niferoedd isel iawn o foleciwlau DNA targed ac ysgogodd diddordeb mewn datblygu strategaeth meintioli ystod ddeinamig lawn sy'n gallu pennu crynodiadau o isel iawn i uchel iawn gyda chywirdeb. Mae'r prosiect yn fy ngalluogi i gydweithio ag arbenigwyr o'r Ysgolion Fferylliaeth a Pheirianneg ym Mhrifysgol Caerdydd ym maes cyffrous microhylifeg. Mae ymgorffori adweithyddion bioluminescent mewn nifer lluosog o ddiferion unffurf bach yn rhoi data meintioli gwerthfawr i mi o ganfod golau. Datblygu dyfais syml sy'n dwyn ynghyd fanteision ymhelaethu DNA isothermol, canfod bioluminescent BART, cynhyrchu defnynnau microhylifol ac encapsulation gyda chanfod a dadansoddi golau, yw prif ffocws fy ymchwil. Mae gen i ddiddordeb hefyd yn natblygiad ensymau luciferase thermostable o fireflies ar gyfer canfod BART ac yn natblygu'r canfod DNA targed tuag at nifer o barasitiaid o ddiddordeb milfeddygol. Yn fwy diweddar, rwyf wedi datblygu diddordeb mewn genomeg, Oxford Nanopore Technology, MinION, dilyniannu a biowybodeg ar gyfer cynulliad genom de novo.
Contact Details
Adeilad Syr Martin Evans, Ystafell Ystafell W/3.12, Rhodfa'r Amgueddfa, Caerdydd, CF10 3AX