![Georgina Menzies](https://profiles-cardiff.imgix.net/attachments/1130?w=200&h=200&auto=format&crop=faces&fit=crop&q=90")
Dr Georgina Menzies
- Ar gael fel goruchwyliwr ôl-raddedig
Timau a rolau for Georgina Menzies
Uwch Ddarlithydd
Ysgol y Biowyddorau
Trosolwyg
Ymchwiliadau strwythurol a swyddogaethol gan ddefnyddio modelu moleciwlaidd ac efelychiadau moleciwlaidd
Rwy'n Ddarlithydd mewn Bioleg Strwythurol Gyfrifiadurol yn Ysgol y Biowyddorau ac yn aelod cyswllt o Sefydliad Ymchwil Dementia y DU ym Mhrifysgol Caerdydd. Mae fy ymchwil yn eistedd ar y rhyngwyneb o ddeinameg moleciwlaidd, bioleg strwythurol a genomeg clefydau, gyda ffocws ar ddeall sut mae deinameg strwythurol a chyd-destun dilyniant yn llywodraethu swyddogaeth fiolegol mewn atgyweirio DNA, niwroddirywiad a chanser.
Nodwedd ddiffiniol o fy ngwaith yw cymhwyso dynameg moleciwlaidd fel fframwaith mecanyddol ar gyfer cysylltu amrywiad genomig â chanlyniad biolegol. Trwy ddulliau cyfrifiadurol integreiddiol sy'n cyfuno efelychu, data arbrofol a dysgu peiriannau, mae fy ymchwil wedi dangos sut mae cyd-destun dilyniant DNA lleol yn siapio ystumiad strwythurol, effeithlonrwydd atgyweirio a bregusrwydd treiglad, gan ddarparu mewnwelediad rhagfynegol i fannau poeth treiglad mewn genynnau sy'n gysylltiedig â chlefydau.
Rwy'n arwain rhaglen ymchwil gydlynol gyda llwybr cyhoeddi cryf ac uwch awduraeth cynyddol, ac rwy'n darparu arweinyddiaeth gyfrifiadurol o fewn cydweithrediadau rhyngddisgyblaethol mawr sy'n rhychwantu niwroddirywiad, bioleg pilen ac ymwrthedd gwrthficrobaidd. Mae fy ngwaith wedi denu cyllid allanol gan gynghorau ymchwil, elusennau a phartneriaid diwydiant, ac mae wedi cael ei gyhoeddi mewn cyfnodolion gan gynnwys Frontiers in Molecular Biosciences, Bioinformatics Advances, EMBO Journal a Science Translational Medicine.
Ochr yn ochr â'm hymchwil, rwy'n chwarae rhan bwysig mewn addysg ôl-raddedig, arweinyddiaeth academaidd a diwylliant ymchwil. Rwy'n Ddirprwy Arweinydd Cwrs ac Arweinydd Modiwl ar gyfer rhaglenni a addysgir Lefel 7, yn cyfrannu at ddatblygu'r cwricwlwm strategol gan gynnwys MSc traws-ysgol newydd mewn Biowybodeg Uwch, ac yn cyd-arwain Rhwydwaith Alzheimer's Research UK Cymru, gan gefnogi datblygiad ymchwilwyr ar ddechrau gyrfa, ymgysylltu â'r cyhoedd a gweithgarwch ymchwil dementia cenedlaethol. Rwy'n goruchwylio ymchwilwyr PhD, MSc ac israddedig ac yn croesawu ymholiadau ynghylch goruchwyliaeth ôl-raddedig a chyfleoedd ymchwil cydweithredol.
Cyhoeddiad
2026
- Cooke, R. S. et al. 2026. Mapping of C5-blocking monoclonal antibodies reveals new C5 inhibitory epitopes and novel modes of C5 inhibition. Immunology (10.1111/imm.70180)
- Lin, C. et al., 2026. Deep learning enhanced ALPS reveals genetic and environmental factors of brain glymphatic function. EBioMedicine 124 106133. (10.1016/j.ebiom.2026.106133)
2025
- Pritchard, M. F. et al. 2025. Epoxytiglianes potentiate the activity of colistin against resistant Escherichia coli via modification of the bacterial cell membrane. mBio 17 (2) e02314-25. (10.1128/mbio.02314-25)
- Zitti, A. et al. 2025. Structure, function and dynamics of mCoral, a pH-responsive engineered variant of the mCherry fluorescent protein with improved hydrogen peroxide tolerance. International Journal of Molecular Sciences 27 (1) 154. (10.3390/ijms27010154)
- Davies, J. and Menzies, G. E. 2025. Local sequence context at KRAS codons modulates DNA repair efficiency: insights from molecular dynamics simulations. Frontiers in Molecular Biosciences 12 1654434. (10.3389/fmolb.2025.1654434)
- Davies, J. G. et al. 2025. Increased functional unit flexibility and solvent accessibility favours oxygen capture in molluscan hemocyanin †. RSC Advances 15 (26), pp.20373-20384. (10.1039/d5ra03248b)
- Cheng, Y. et al., 2025. Brain MRI signatures across sex and CSF Alzheimer’s disease biomarkers. Brain Communications 7 (3) fcaf210. (10.1093/braincomms/fcaf210)
2024
- Davies, J. G. and Menzies, G. E. 2024. Utilizing biological experimental data and molecular dynamics for the classification of mutational hotspots through machine learning. Bioinformatics Advances 4 (1) vbae125. (10.1093/bioadv/vbae125)
- Mangin, A. , Dion, V. and Menzies, G. 2024. Developing small Cas9 hybrids using molecular modeling. Scientific Reports 14 (1) 17233. (10.1038/s41598-024-68107-1)
2023
- Lancaster, T. et al. 2023. Proof-of-concept recall-by-genotype study of extremely low and high Alzheimer’s polygenic risk reveals autobiographical deficits and cingulate cortex correlates. Alzheimer's Research and Therapy 15 213. (10.1186/s13195-023-01362-y)
- Mack, A. H. et al. 2023. A proofreading mutation with an allosteric effect allows a cluster of SARS-CoV-2 viruses to rapidly evolve. Molecular Biology and Evolution 40 (10) msad209. (10.1093/molbev/msad209)
- Pritchard, M. F. et al. 2023. Structure–activity relationships of low molecular weight alginate oligosaccharide therapy against Pseudomonas aeruginosa. Biomolecules 13 (9) 1366. (10.3390/biom13091366)
- Ramakrishnan, K. et al. 2023. Glycosylation increases active site rigidity leading to improved enzyme stability and turnover. The FEBS Journal 290 (15), pp.3812-3827. (10.1111/febs.16783)
2022
- Powell, L. C. et al. 2022. Topical, immunomodulatory epoxy-tiglianes induce biofilm disruption and healing in acute and chronic skin wounds. Science Translational Medicine 14 (662)(10.1126/scitranslmed.abn3758)
- Bracher-Smith, M. et al. 2022. Machine learning for prediction of schizophrenia using genetic and demographic factors in the UK Biobank. Schizophrenia Research 246 , pp.156-164. (10.1016/j.schres.2022.06.006)
- McAllister, B. et al. 2022. Exome sequencing of individuals with Huntington’s disease implicates FAN1 nuclease activity in slowing CAG expansion and disease onset. Nature Neuroscience 25 , pp.446-457. (10.1038/s41593-022-01033-5)
2021
- Menzies, G. E. and Torvell, M. 2021. Exciting new tools for studying TREM2 in dementia. Structure 29 (11), pp.1215-1216. (10.1016/j.str.2021.10.009)
- Menzies, G. et al. 2021. Carcinogen-induced DNA structural distortion differences in the RAS gene isoforms; the importance of local sequence. BMC Chemistry 15 51. (10.1186/s13065-021-00777-8)
- Maguire, E. et al. 2021. PIP2 depletion and altered endocytosis caused by expression of Alzheimer's disease-protective variant PLCγ2 R522. EMBO Journal 40 (17) e105603. (10.15252/embj.2020105603)
- de Rojas, I. et al., 2021. Common variants in Alzheimer's disease and risk stratification by polygenic risk scores. Nature Communications 12 (1) 3417. (10.1038/s41467-021-22491-8)
- Dennison, C. A. et al. 2021. Association of genetic liability for psychiatric disorders with accelerometer-assessed physical activity in the UK Biobank. PLoS ONE 16 (3) e0249189. (10.1371/journal.pone.0249189)
2020
- Zelek, W. M. et al. 2020. Characterising the original anti-C5 function-blocking antibody, BB5.1, for species specificity, mode of action and interactions with C5. Immunology 161 (2), pp.103-113. Volume161, Issue2 October 2020 Pages 103-113. (10.1111/imm.13228)
- Bellou, E. et al. 2020. Age-dependent effect of APOE and polygenic component on Alzheimer's disease. Neurobiology of Aging 93 , pp.69-77. Neurobiology of Aging Volume 93, September 2020, Pages 69-77. (10.1016/j.neurobiolaging.2020.04.024)
- Grama, S. et al. 2020. Polygenic risk for schizophrenia and subcortical brain anatomy in the UK Biobank cohort. Translational Psychiatry 10 309. (10.1038/s41398-020-00940-0)
2019
- Legge, S. E. et al. 2019. Association of genetic liability to psychotic experiences with neuropsychotic disorders and traits. JAMA Psychiatry 76 (12), pp.1256-1265. (10.1001/jamapsychiatry.2019.2508)
- Kunkle, B. W. et al., 2019. Genetic meta-analysis of diagnosed Alzheimer's disease identifies new risk loci and implicates Aβ, tau, immunity and lipid processing. Nature Genetics 51 (3), pp.414-430. (10.1038/s41588-019-0358-2)
- Grozeva, D. et al. 2019. Benefits and challenges of rare genetic variation in Alzheimer's disease. Current Genetic Medicine Reports 7 (1), pp.53-62. (10.1007/s40142-019-0161-5)
- Escott-Price, V. et al. 2019. Genetic liability to schizophrenia is negatively associated with educational attainment in UK Biobank. Journal of Molecular Psychiatry , pp.-. (10.1038/s41380-018-0328-6)
2018
- Powell, L. C. et al. 2018. Targeted disruption of the extracellular polymeric network of pseudomonas aeruginosa biofilms by alginate oligosaccharides. npj Biofilms and Microbiomes 4 13. (10.1038/s41522-018-0056-3)
- Sims, R. et al. 2018. Meta-analysis of genetic association with diagnosed Alzheimer's disease identifies novel risk loci and implicates Abeta, Tau, immunity and lipid processing. [Online].bioRxiv. (10.1101/294629)Available at: https://doi.org/10.1101/294629.
2017
- Bryant, A. H. et al., 2017. Human gestation-associated tissues express functional cytosolic nucleic acid sensing pattern recognition receptors. Clinical and Experimental Immunology 189 (1), pp.36-46. (10.1111/cei.12960)
2016
- Avancini, D. et al., 2016. MutAIT: an online genetic toxicology data portal and analysis tools. Mutagenesis 31 (3), pp.323-328. (10.1093/mutage/gev050)
- Pritchard, M. F. et al. 2016. A new class of safe oligosaccharide polymer therapy to modify the mucus barrier of chronic respiratory disease. Molecular Pharmaceutics 13 (3), pp.863-872. (10.1021/acs.molpharmaceut.5b00794)
2015
- Lewis, P. and Menzies, G. 2015. Vibrational spectra, principal components analysis and the horseshoe effect. Vibrational Spectroscopy 81 , pp.62-67. (10.1016/j.vibspec.2015.10.002)
- Menzies, G. et al. 2015. Base damage, local sequence context and TP53 mutation hotspots: a molecular dynamics study of benzo[a]pyrene induced DNA distortion and mutability. Nucleic Acids Research 43 (19), pp.9133-9146. (10.1093/nar/gkv910)
2014
- Menzies, G. et al. 2014. Fourier transform infrared for noninvasive optical diagnosis of oral, oropharyngeal, and laryngeal cancer. Translational Research 163 (1), pp.19-26. (10.1016/j.trsl.2013.09.006)
Erthyglau
- Cooke, R. S. et al. 2026. Mapping of C5-blocking monoclonal antibodies reveals new C5 inhibitory epitopes and novel modes of C5 inhibition. Immunology (10.1111/imm.70180)
- Lin, C. et al., 2026. Deep learning enhanced ALPS reveals genetic and environmental factors of brain glymphatic function. EBioMedicine 124 106133. (10.1016/j.ebiom.2026.106133)
- Pritchard, M. F. et al. 2025. Epoxytiglianes potentiate the activity of colistin against resistant Escherichia coli via modification of the bacterial cell membrane. mBio 17 (2) e02314-25. (10.1128/mbio.02314-25)
- Zitti, A. et al. 2025. Structure, function and dynamics of mCoral, a pH-responsive engineered variant of the mCherry fluorescent protein with improved hydrogen peroxide tolerance. International Journal of Molecular Sciences 27 (1) 154. (10.3390/ijms27010154)
- Davies, J. and Menzies, G. E. 2025. Local sequence context at KRAS codons modulates DNA repair efficiency: insights from molecular dynamics simulations. Frontiers in Molecular Biosciences 12 1654434. (10.3389/fmolb.2025.1654434)
- Davies, J. G. et al. 2025. Increased functional unit flexibility and solvent accessibility favours oxygen capture in molluscan hemocyanin †. RSC Advances 15 (26), pp.20373-20384. (10.1039/d5ra03248b)
- Cheng, Y. et al., 2025. Brain MRI signatures across sex and CSF Alzheimer’s disease biomarkers. Brain Communications 7 (3) fcaf210. (10.1093/braincomms/fcaf210)
- Davies, J. G. and Menzies, G. E. 2024. Utilizing biological experimental data and molecular dynamics for the classification of mutational hotspots through machine learning. Bioinformatics Advances 4 (1) vbae125. (10.1093/bioadv/vbae125)
- Mangin, A. , Dion, V. and Menzies, G. 2024. Developing small Cas9 hybrids using molecular modeling. Scientific Reports 14 (1) 17233. (10.1038/s41598-024-68107-1)
- Lancaster, T. et al. 2023. Proof-of-concept recall-by-genotype study of extremely low and high Alzheimer’s polygenic risk reveals autobiographical deficits and cingulate cortex correlates. Alzheimer's Research and Therapy 15 213. (10.1186/s13195-023-01362-y)
- Mack, A. H. et al. 2023. A proofreading mutation with an allosteric effect allows a cluster of SARS-CoV-2 viruses to rapidly evolve. Molecular Biology and Evolution 40 (10) msad209. (10.1093/molbev/msad209)
- Pritchard, M. F. et al. 2023. Structure–activity relationships of low molecular weight alginate oligosaccharide therapy against Pseudomonas aeruginosa. Biomolecules 13 (9) 1366. (10.3390/biom13091366)
- Ramakrishnan, K. et al. 2023. Glycosylation increases active site rigidity leading to improved enzyme stability and turnover. The FEBS Journal 290 (15), pp.3812-3827. (10.1111/febs.16783)
- Powell, L. C. et al. 2022. Topical, immunomodulatory epoxy-tiglianes induce biofilm disruption and healing in acute and chronic skin wounds. Science Translational Medicine 14 (662)(10.1126/scitranslmed.abn3758)
- Bracher-Smith, M. et al. 2022. Machine learning for prediction of schizophrenia using genetic and demographic factors in the UK Biobank. Schizophrenia Research 246 , pp.156-164. (10.1016/j.schres.2022.06.006)
- McAllister, B. et al. 2022. Exome sequencing of individuals with Huntington’s disease implicates FAN1 nuclease activity in slowing CAG expansion and disease onset. Nature Neuroscience 25 , pp.446-457. (10.1038/s41593-022-01033-5)
- Menzies, G. E. and Torvell, M. 2021. Exciting new tools for studying TREM2 in dementia. Structure 29 (11), pp.1215-1216. (10.1016/j.str.2021.10.009)
- Menzies, G. et al. 2021. Carcinogen-induced DNA structural distortion differences in the RAS gene isoforms; the importance of local sequence. BMC Chemistry 15 51. (10.1186/s13065-021-00777-8)
- Maguire, E. et al. 2021. PIP2 depletion and altered endocytosis caused by expression of Alzheimer's disease-protective variant PLCγ2 R522. EMBO Journal 40 (17) e105603. (10.15252/embj.2020105603)
- de Rojas, I. et al., 2021. Common variants in Alzheimer's disease and risk stratification by polygenic risk scores. Nature Communications 12 (1) 3417. (10.1038/s41467-021-22491-8)
- Dennison, C. A. et al. 2021. Association of genetic liability for psychiatric disorders with accelerometer-assessed physical activity in the UK Biobank. PLoS ONE 16 (3) e0249189. (10.1371/journal.pone.0249189)
- Zelek, W. M. et al. 2020. Characterising the original anti-C5 function-blocking antibody, BB5.1, for species specificity, mode of action and interactions with C5. Immunology 161 (2), pp.103-113. Volume161, Issue2 October 2020 Pages 103-113. (10.1111/imm.13228)
- Bellou, E. et al. 2020. Age-dependent effect of APOE and polygenic component on Alzheimer's disease. Neurobiology of Aging 93 , pp.69-77. Neurobiology of Aging Volume 93, September 2020, Pages 69-77. (10.1016/j.neurobiolaging.2020.04.024)
- Grama, S. et al. 2020. Polygenic risk for schizophrenia and subcortical brain anatomy in the UK Biobank cohort. Translational Psychiatry 10 309. (10.1038/s41398-020-00940-0)
- Legge, S. E. et al. 2019. Association of genetic liability to psychotic experiences with neuropsychotic disorders and traits. JAMA Psychiatry 76 (12), pp.1256-1265. (10.1001/jamapsychiatry.2019.2508)
- Kunkle, B. W. et al., 2019. Genetic meta-analysis of diagnosed Alzheimer's disease identifies new risk loci and implicates Aβ, tau, immunity and lipid processing. Nature Genetics 51 (3), pp.414-430. (10.1038/s41588-019-0358-2)
- Grozeva, D. et al. 2019. Benefits and challenges of rare genetic variation in Alzheimer's disease. Current Genetic Medicine Reports 7 (1), pp.53-62. (10.1007/s40142-019-0161-5)
- Escott-Price, V. et al. 2019. Genetic liability to schizophrenia is negatively associated with educational attainment in UK Biobank. Journal of Molecular Psychiatry , pp.-. (10.1038/s41380-018-0328-6)
- Powell, L. C. et al. 2018. Targeted disruption of the extracellular polymeric network of pseudomonas aeruginosa biofilms by alginate oligosaccharides. npj Biofilms and Microbiomes 4 13. (10.1038/s41522-018-0056-3)
- Bryant, A. H. et al., 2017. Human gestation-associated tissues express functional cytosolic nucleic acid sensing pattern recognition receptors. Clinical and Experimental Immunology 189 (1), pp.36-46. (10.1111/cei.12960)
- Avancini, D. et al., 2016. MutAIT: an online genetic toxicology data portal and analysis tools. Mutagenesis 31 (3), pp.323-328. (10.1093/mutage/gev050)
- Pritchard, M. F. et al. 2016. A new class of safe oligosaccharide polymer therapy to modify the mucus barrier of chronic respiratory disease. Molecular Pharmaceutics 13 (3), pp.863-872. (10.1021/acs.molpharmaceut.5b00794)
- Lewis, P. and Menzies, G. 2015. Vibrational spectra, principal components analysis and the horseshoe effect. Vibrational Spectroscopy 81 , pp.62-67. (10.1016/j.vibspec.2015.10.002)
- Menzies, G. et al. 2015. Base damage, local sequence context and TP53 mutation hotspots: a molecular dynamics study of benzo[a]pyrene induced DNA distortion and mutability. Nucleic Acids Research 43 (19), pp.9133-9146. (10.1093/nar/gkv910)
- Menzies, G. et al. 2014. Fourier transform infrared for noninvasive optical diagnosis of oral, oropharyngeal, and laryngeal cancer. Translational Research 163 (1), pp.19-26. (10.1016/j.trsl.2013.09.006)
Gwefannau
Ymchwil
Mae fy ymchwil yn canolbwyntio ar ddeall sut mae deinameg strwythurol yn llywodraethu swyddogaeth fiolegol mewn systemau sy'n berthnasol i glefydau, gan ddefnyddio modelu moleciwlaidd ac efelychiadau dynameg moleciwlaidd fel offer craidd. Rwy'n gweithio ar y rhyngwyneb o bioleg strwythurol gyfrifiadurol, genomeg a bioleg arbrofol, gan ddatblygu dulliau integreiddiol sy'n darparu mewnwelediad mecanyddol i brosesau sy'n anodd neu'n amhosibl eu datrys yn arbrofol.
Mae llinyn canolog fy ymchwil yn ymchwilio i atgyweirio DNA a bregusrwydd treiglad. Rwy'n astudio sut mae cyd-destun dilyniant DNA lleol yn dylanwadu ar ystumiad strwythurol, adnabod protein ac effeithlonrwydd atgyweirio, a sut mae'r effeithiau hyn yn cyfieithu i batrymau treiglad sy'n gysylltiedig â chlefydau. Trwy gyfuno efelychiadau dynameg moleciwlaidd gyda data atgyweirio arbrofol a dysgu peiriannau, mae fy ngwaith wedi dangos sut mae nodweddion strwythurol cynnil sy'n dibynnu ar ddilyniant yn modiwleiddio canlyniadau atgyweirio a mannau poeth treiglad mewn genynnau sy'n gysylltiedig â chanser. Mae'r gwaith hwn yn sefydlu dynameg foleciwlaidd fel fframwaith rhagfynegol sy'n cysylltu amrywiad genomig â chanlyniadau biolegol.
Mae'r rhaglen ymchwil hon wedi denu cyllid allanol gan gynghorau ymchwil a sefydliadau elusennol, gan gynnwys sawl dyfarniad gan EPSRC ar gyfer adnoddau cyfrifiadura perfformiad uchel sy'n cefnogi efelychiadau dynameg moleciwlaidd ar raddfa fawr, a chyllid gan Alzheimer's Research UK ar gyfer gweithgareddau ymgysylltu â'r cyhoedd a hyfforddiant doethurol. Ar hyn o bryd rwy'n Brif Ymchwilydd neu'n Gyd-Ymchwilydd ar brosiectau a ariennir ac ysgoloriaethau PhD a gefnogir gan EPSRC, BBSRC ac Alzheimer's Research UK, sy'n cwmpasu atgyweirio DNA, niwroddirywiad, bioleg pilenni a bioddelweddu.
Ar yr un pryd, rwy'n cymhwyso dulliau strwythurol cyfrifiadurol i broblemau mewn niwroddirywiad, yn enwedig clefyd Alzheimer. Mae fy ngwaith yn cyfrannu mewnwelediad mecanyddol i swyddogaeth amrywiolion sy'n gysylltiedig â chlefydau mewn proteinau imiwnedd a signalau, gan gynnwys rolau mewn rhyngweithiadau pilen, hyblygrwydd protein a rheoleiddio allosterig. Rwyf hefyd wedi ysgrifennu gwaith persbectif gwahoddedig ar offer cyfrifiadurol sy'n dod i'r amlwg ar gyfer astudio mecanweithiau clefydau niwroddirywiol, gan adlewyrchu arbenigedd cydnabyddedig yn y maes hwn.
Rwy'n ymwneud yn helaeth â chydweithrediadau rhyngddisgyblaethol a rhyngwladol sy'n mynd i'r afael â heriau cyfieithu, gan gynnwys ymwrthedd gwrthficrobaidd a therapiwteg pilen-weithredol. O fewn y rhaglenni cydweithredol hyn, gyda chefnogaeth partneriaethau diwydiant a grantiau aml-ymchwilwyr mawr, rwy'n darparu arweinyddiaeth gyfrifiadurol, gan ddarparu mewnwelediad atomistig i darfu pilen, ansefydlogi bioffilm a mecanweithiau imiwnomodulatory sy'n sail i effeithiolrwydd therapiwtig. Mae'r gwaith hwn yn integreiddio modelu â data arbrofol a chlinigol, gan gryfhau'r cysylltiad rhwng mecanwaith moleciwlaidd a chanlyniad biolegol.
Mae fy nghyfeiriadau ymchwil presennol a dyfodol yn cynnwys cydnabyddiaeth atgyweirio DNA dilyniannol-benodol, dadansoddiad o ddata dynameg moleciwlaidd â chymorth AI, a modelu integreiddiol o systemau protein-DNA a bilen-protein mewn cyd-destunau clefydau. Rwy'n goruchwylio ymchwilwyr ôl-raddedig ac yn croesawu cydweithio â grwpiau arbrofol a chyfrifiadurol sydd â diddordeb mewn cymhwyso dulliau efelychu uwch i broblemau biolegol a chlinigol berthnasol.
Grantiau Cyfredol
-
EPSRC SimBio (PI) - Datgodio Atgyweirio DNA: Mewnwelediadau Moleciwlaidd i Gydnabyddiaeth Dilyniant-Benodol (adnoddau cyfrifiadurol)
-
EPSRC SimBio (Co-I) - Efelychiadau dynameg moleciwlaidd o P2X7 (adnoddau cyfrifiadurol)
-
BBSRC (Co-I) – Cwblhau'r darlun rhyngweithio protein-protein: offer fflwroleuol newydd wedi'u hamgodio'n enetig
-
Ysgoloriaeth PhD BBSRC SWBio DTP (Co-I) - Ymchwilio i'r parth balast derbynnydd P2X7 gan ddefnyddio dynameg moleciwlaidd a phrofion swyddogaethol
-
Ysgoloriaeth PhD BBSRC SWBio DTP (Co-I) – Adeiladu nano-biosynwyryddion newydd ar gyfer gofal iechyd
-
Ysgoloriaeth PhD Alzheimer's Research UK (co-PI) - Rheoleiddio microglia gan y genyn risg clefyd Alzheimer ATP8B4
-
Ysgoloriaeth PhD Cymdeithas Alzheimer (Co-I) - Cyflenwi therapiwteg gwrth-gyflenwad yn seiliedig ar wrthgyrff i ymennydd Alzheimer
Addysgu
Mae fy addysgu wedi'i arwain gan ymchwil, yn seiliedig ar weithdai ac yn cyd-fynd yn gryf â fy arbenigedd mewn bioleg strwythurol gyfrifiadurol, biowybodeg a dadansoddi biolegol sy'n cael ei yrru gan ddata. Rwy'n rhoi pwyslais arbennig ar ddarpariaeth ôl-raddedig a Lefel 7, lle mae myfyrwyr yn ymgysylltu'n uniongyrchol â setiau data biolegol go iawn, offer modelu moleciwlaidd a phroblemau ymchwil cyfoes.
Ar hyn o bryd rwy'n gwasanaethu fel Dirprwy Arweinydd Cwrs ar gyfer rhaglenni MSc a addysgir ac rwy'n Arweinydd Modiwl ar gyfer modiwlau Lefel 7 gan gynnwys Data Mawr mewn Strwythur a Swyddogaeth Protein. Rwyf hefyd wedi chwarae rhan flaenllaw yn y gwaith o ddatblygu a chyflwyno modiwlau MSc craidd mewn biowybodeg a gwyddor data mawr, ac yn cyfrannu at ddatblygu cwricwlwm strategol, gan gynnwys dylunio MSc traws-ysgol newydd mewn Biowybodeg Uwch. Ar draws y rolau hyn, mae gen i gyfrifoldeb am ddylunio modiwlau, strategaeth asesu a chyflwyno gweithdai cyfrifiadurol dwys, ymarferol.
Mae fy addysgu yn rhychwantu Lefelau 4–7, gyda'r mwyafrif o oriau cyswllt ar lefel ôl-raddedig. Rwy'n goruchwylio prosiectau ymchwil israddedig, MSc a PhD, gyda myfyrwyr yn gweithio ar bynciau sy'n cyd-fynd â'm hymchwil mewn atgyweirio DNA, niwroddirywiad, dynameg protein a modelu moleciwlaidd. Mae cyn-fyfyrwyr wedi symud ymlaen i astudiaeth ddoethurol, ymchwil ôl-ddoethurol a rolau yn y byd academaidd a diwydiant.
Rwy'n ymrwymedig i wella ymarfer addysgu yn barhaus a dyfarnwyd Cymrodoriaeth yr Academi Addysg Uwch (FHEA) i mi yn 2022. Rwy'n myfyrio'n rheolaidd ar adborth myfyrwyr i fireinio cynnwys a chyflwyniad modiwlau, gan sicrhau bod sgiliau meintiol a chyfrifiadurol wedi'u hymgorffori'n glir mewn cyd-destunau biolegol ystyrlon ac yn cyd-fynd â llwybrau ymchwil a gyrfa myfyrwyr yn y dyfodol.
Arweinyddiaeth Rhaglen
-
Dirprwy Arweinydd y Cwrs, MSc Biowybodeg Gymhwysol (2026–presennol)
-
Dirprwy Arweinydd Cwrs, MSc Bioleg Data Mawr (2022–2025)
Modiwl Arweinyddiaeth
-
Arweinydd Modiwl, BIT164 Data Mawr mewn Strwythur a Swyddogaeth Protein (Lefel 7)
-
Arweinydd Modiwl, BIT107 Gwyddor Data Mawr (Lefel 7) (2022–2025)
-
Arweinydd Modiwl, BIT106 Biowybodeg (Lefel 7) (2022–2025)
-
Arweinydd Modiwl, MET581 (Ôl-raddedig) (2018–2020)
Cyfraniadau Addysgu
-
Darlithydd, BI4002 (UG/IM)
-
Darlithydd, BI31325 (UG)
Bywgraffiad
Rwy'n academydd Addysgu ac Ymchwil mewn bioleg strwythurol gyfrifiadurol wedi'i leoli yn Ysgol y Biowyddorau ym Mhrifysgol Caerdydd ac yn aelod o Sefydliad Ymchwil Dementia y DU. Mae fy nghefndir academaidd mewn modelu moleciwlaidd a dynameg moleciwlaidd, gydag arbenigedd ymchwil yn rhychwantu atgyweirio DNA, niwroddirywiad a chanser.
Cwblheais fy PhD ym Mhrifysgol Abertawe, gan ddatblygu a chymhwyso llwyfannau dynameg moleciwlaidd i ymchwilio i strwythur ac ystumiad DNA, yn dilyn MSc mewn Modelu Moleciwlaidd ym Mhrifysgol Caerdydd. Ers hynny, rwyf wedi adeiladu rhaglen ymchwil ryngddisgyblaethol sy'n cymhwyso dulliau efelychu i systemau biolegol sy'n berthnasol i glefydau, gan weithio ar draws y byd academaidd, diwydiant a sefydliadau ymchwil elusennol.
Ochr yn ochr â'm hymchwil, rwy'n gwneud cyfraniad sylweddol at addysg ôl-raddedig, arweinyddiaeth academaidd a diwylliant ymchwil. Mae fy addysgu wedi'i arwain gan ymchwil ac yn seiliedig ar weithdai, gyda phwyslais arbennig ar ddarpariaeth Lefel 7 mewn biowybodeg, gwyddor data mawr a strwythur a swyddogaeth protein. Rwy'n cymryd rhan weithredol mewn goruchwylio doethurol, mentora ac ymgysylltu â'r cyhoedd, yn enwedig o fewn y gymuned ymchwil dementia.
Anrhydeddau a dyfarniadau
-
Cymrawd yr Academi Addysg Uwch (FHEA), 2022
-
Cyfranogwr Dethol, Rhaglen Crwsibl Cymru, 2021
Aelodaethau proffesiynol
- Aelod Assoicate, Sefydliad Ymchwil Dementia y DU
- Aelod, Sefydliad Darganfod Meddygaeth
- Cymdeithas Frenhinol Cemeg (RSC)
- Cymdeithas Mutagenesis Amgylcheddol y Deyrnas Unedig (UKEMS)
- Cymdeithas Graffeg Moleciwlaidd a Modelu (MGMS)
- Y Gymdeithas Ryngwladol ar gyfer Sbectrosgopeg Clinigol (CLIRSPEC)
Aelodaeth a phwyllgorau rhwydwaith
- Cyd-Arweinydd, Rhwydwaith Alzheimer's Research UK Wales
- Arweinydd, Rhwydwaith Gwyddorau Strwythurol Dynamig a Bioffiseg Prifysgol Caerdydd (CUDSSBN)
- Aelod, Pwyllgor Gwaith y Sefydliad Ymchwil Dementia Caerdydd
- Aelod, Grŵp Defnyddwyr Gweithredol ARCCA
Safleoedd academaidd blaenorol
|
April 2020 -
present
|
Lecturer | Cardiff University School of Biosciences |
|
June 2018 -
April 2020
|
Ser Cymru II Fellow | Dementia Research Institute at Cardiff University |
| December 2016 - June 2018 | Post-Doctoral Research Associate | Cardiff University. MRC Centre for Neuropsychiatric Genetics & Genomics |
| July 2014 - December 2016 | Post-Doctoral Research Assistant | Swansea University - Tailored OligoG Project - funded by Norwegian Research Council |
|
January 2015 -
January 2016
|
Developer |
MutAIT project (http://mutait.org/home.html) |
|
June 2012 -
June 2014
|
Research Assistant |
Swansea University - Celtic Alliance for NanoHealth Project - funded by INTERREG IVA Ireland Wales Program |
Ymrwymiadau siarad cyhoeddus
Rwy'n siaradwr gwadd rheolaidd mewn cyfres seminarau mewnol ac allanol, cyfarfodydd cenedlaethol a chynadleddau rhyngwladol. Mae'r cyflwyniadau gwahoddedig yn cynnwys seminarau ar draws Prifysgol Caerdydd a Phrifysgol Abertawe, cyflwyniadau llafar gwahoddedig mewn cynadleddau Sefydliad Ymchwil Dementia y DU a chyfarfodydd atgyweirio DNA, a sgyrsiau dethol mewn cynadleddau rhyngwladol gan gynnwys AD/PD a Chynhadledd Ryngwladol Cymdeithas Alzheimer (AAIC).
Rwyf hefyd wedi bod yn siaradwr gwadd mewn digwyddiadau dathlu ymchwil ac ymgysylltu â'r cyhoedd, gan gynnwys Digwyddiad Dathlu Uwchgyfrifiadura Cymru, ac yn cyfrannu'n rheolaidd at sgyrsiau a fforymau trafod sy'n wynebu'r cyhoedd yn ymwneud ag ymchwil dementia a bioleg gyfrifiadurol.
Pwyllgorau ac adolygu
Rwy'n cyfrannu at ddinasyddiaeth academaidd trwy wasanaeth pwyllgor, adolygiad gan gymheiriaid a rolau golygyddol. Rwy'n olygydd ar gyfer Frontiers in Dementia ac yn gweithredu'n rheolaidd fel adolygydd ar gyfer cyfnodolion rhyngwladol gan gynnwys Structure, Journal of Chemical Information and Modeling, Chemistry and Physics of Lipids, Translational Neuroscience a Journal of Alzheimer's Disease Reports, Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy.
Rwyf hefyd yn gwasanaethu fel adolygydd ac aelod o banel ar gyfer cyrff cyllido gan gynnwys Cymdeithas Alzheimer a'r Gymdeithas Biocemegol, ac yn cyfrannu at baneli recriwtio, archwilio a gweithgareddau datblygu ymchwilwyr ar ddechrau gyrfa yn y Brifysgol
- Pwyllgor Trefnu CUDSSBN - 2023 - presennol
- Cynrychiolydd ECR (Rhwydwaith ARUK a thema atgyweirio DNA, Sefydliad Ymchwil Dementia) Blynyddoedd amrywiol
- Pwyllgor Cymunedol Athena Swan
- Aelod o bwyllgor gweithredol y Sefydliad Ymchwil Dementia 2018 - presennol
- Alzheimer's Research UK (ARUK) Rhwydwaith De Cymru ECR Rep.
- Trefnydd - Digwyddiadau ymgysylltu â'r cyhoedd ARUK - 2019, 2021, 2023
- Cyd-drefnydd - Diwrnod agored ARUK 2018, Adeilad Hadyn Ellis
Meysydd goruchwyliaeth
Mae gen i ddiddordeb mewn goruchwylio myfyrwyr yn y meysydd;
- Datblygu llwyfannau Modelu Moleciwlaidd ar gyfer dadansoddi strwythurol DNA
- Efelychiadau Dynameg Moleciwlaidd o systemau CRISPR
- Efelychiadau Dyanamics Moleciwlaidd o fwtaniadau protein
- Efelychiadau a dadansoddi strwythur DNA mewn perthynas â llwybrau atgyweirio
Myfyrwyr PhD presennol
• James Davies: carcinogenau a'u rhyngweithio â pheiriannau DNA/atgyweirio. Goruchwyliwr Cynradd
• Amelia Francis: Dylunio sgaffaldiau protein sy'n rhwymo ac yn modiwleiddio chwiliedydd bioddelweddu'r genhedlaeth nesaf. Ail oruchwylydd. Ail oruchwyliwr
• Chris Slack: Ymchwilio i swyddogaeth y parth balast derbynnydd P2X7 gan ddefnyddio dynameg moleciwlaidd a phrofiad swyddogaethol. Ail oruchwyliwr
• Alex Moger: Astudio rhyngweithiadau lipid pilen-protein gan ddefnyddio nanosgopeg optegol cydlynol a dynameg moleciwlaidd. Ail oruchwyliwr
• Rebekah Cooke: Defnyddio gwrthgyrff fel templedi i ddatblygu cyffuriau gwrth-gyflenwad moleciwl bach i'w cyflwyno i ymennydd Alzheimer. Ail oruchwyliwr
• Edward Birt: Cyfuniad o astudiaethau in silico ac in vitro i ddeall rheoleiddio microglia gan y genyn risg clefyd Alzheimer newydd ATP8B4. Ail oruchwyliwr
Goruchwyliaeth gyfredol
Prosiectau'r gorffennol
- Antione Mangin: PhD, ail oruchwylydd. dyfarnwyd yn 2024 - ar hyn o bryd yn cael ei gyflogi fel PDRA
- Elisa Salis: PhD, ail oruchwylydd. dyfarnwyd 2022 – ar hyn o bryd yn cael ei gyflogi fel ymchwilydd ym maes Biotechnoleg
- Boglarka Kennedy: MSc Bioleg Data Mawr – 2023/24 – ar hyn o bryd yn ymgymryd â PhD
- Elisa Salis - Dyfarnwyd PhD 2022
- James Davies - Meistr Integredig - 2021/2
Ymgysylltu
ArrayContact Details
Themâu ymchwil
Arbenigeddau
- Dna
- Biowybodeg a bioleg gyfrifiadurol
- dynameg moleciwlaidd