![Iain Perry BSc (Hons), PhD](https://profiles-cardiff.imgix.net/attachments/2548?w=200&h=200&auto=format&crop=faces&fit=crop&q=90")
Mr Iain Perry BSc (Hons), PhD
Cymrawd Ymchwil Anrhydeddus
Trosolwyg
Fy mhrif faes o ganolfannau gwaith datblygu a chysylltedd adnoddau cyfrifiadurol Bioinformatic ac ymchwilwyr. Ar hyn o bryd rwy'n darparu cyngor ac arweiniad i Barc Geneteg Cymru ar gyfer eu trawsnewidiad digidol.
Rwy'n hapus i gydweithio ar feysydd Biowybodeg gan gynnwys RNASeq a dadansoddi genynnau gwahaniaethol, dadansoddi SNP ac ymchwil ar sail E-DNA.
Rwyf wedi gweithio ar amrywiaeth eang o bynciau ymchwil, gan gynnwys dadansoddiad E-DNA o samplau dŵr o Affrica i gylch yr Arctig, montoring amgylcheddol, modelau ysgyfaint dyblyg a hyd yn oed ddatblygu ffair argraffu 3D i'w defnyddio mewn ymchwil ac addysg.
Cyhoeddiad
2022
- Perry, I. et al. 2022. Molecular insights into high altitude adaption and acclimatisation of Aporrectodea caliginosa. Life Science Alliance 5(11), article number: e202201513. (10.26508/lsa.202201513)
- Perry, I. et al. 2022. Challenges to implementing environmental-DNA monitoring in Namibia. Frontiers in Environmental Science 9, article number: 773991. (10.3389/fenvs.2021.773991)
2021
- Perry, I. and Kille, P. 2021. DNA-based methods: technology solutions to evaluate ecosystem function (Part of 'Understanding ecosystems and resilience using DNA: Chief Scientist’s Group report'). Environment Agency.
2020
- Perry, I. 2020. Altitudinal adaptations of earthworms. PhD Thesis, Cardiff University.
2018
- Perry, I., Sexton, K., Prytherch, Z., Jason, B., Judith, Z. and Berube, K. 2018. An in vitro versus in vivo toxicogenomics investigation of prenatal exposures to tobacco smoke. Applied In Vitro Toxicology 4(4), pp. 379-388. (10.1089/aivt.2016.0041)
2017
- Perry, I. et al. 2017. Production of 3D printed scale models from microscope volume datasets for use in STEM education. EMS Engineering Science Journal 1(1), article number: 2.
2013
- Benzonana, L. L. et al. 2013. Isoflurane, a commonly used volatile anesthetic, enhances renal cancer growth and malignant potential via the hypoxia-inducible factor cellular signaling pathway in vitro. Anesthesiology 119(3), pp. 593–605. (10.1097/ALN.0b013e31829e47fd)
Articles
- Perry, I. et al. 2022. Molecular insights into high altitude adaption and acclimatisation of Aporrectodea caliginosa. Life Science Alliance 5(11), article number: e202201513. (10.26508/lsa.202201513)
- Perry, I. et al. 2022. Challenges to implementing environmental-DNA monitoring in Namibia. Frontiers in Environmental Science 9, article number: 773991. (10.3389/fenvs.2021.773991)
- Perry, I., Sexton, K., Prytherch, Z., Jason, B., Judith, Z. and Berube, K. 2018. An in vitro versus in vivo toxicogenomics investigation of prenatal exposures to tobacco smoke. Applied In Vitro Toxicology 4(4), pp. 379-388. (10.1089/aivt.2016.0041)
- Perry, I. et al. 2017. Production of 3D printed scale models from microscope volume datasets for use in STEM education. EMS Engineering Science Journal 1(1), article number: 2.
- Benzonana, L. L. et al. 2013. Isoflurane, a commonly used volatile anesthetic, enhances renal cancer growth and malignant potential via the hypoxia-inducible factor cellular signaling pathway in vitro. Anesthesiology 119(3), pp. 593–605. (10.1097/ALN.0b013e31829e47fd)
Monographs
- Perry, I. and Kille, P. 2021. DNA-based methods: technology solutions to evaluate ecosystem function (Part of 'Understanding ecosystems and resilience using DNA: Chief Scientist’s Group report'). Environment Agency.
Thesis
- Perry, I. 2020. Altitudinal adaptations of earthworms. PhD Thesis, Cardiff University.
Ymchwil
Er bod y rhan fwyaf o'm gwaith yn canolbwyntio ar ddatblygu piblinellau i berfformio'n fwy effeithlon ac yn atgynhyrchiol Biowybodeg, rwy'n parhau i gymryd rhan mewn amrywiaeth o feysydd ailsefyll, gan gynnwys fy PhD.
Byw bywyd uchel: addasiad uchder uchel mewn pryfed genwair
Hyd yma ychydig sydd wedi edrych i mewn i sut mae pryfed genwair wedi addasu neu ymgynefino â'r llym a'r
amgylchedd deinamig o uchder uchel. Yn y gwaith hwn, rwy'n archwilio'r infertebratau daearol,
pryfed genwair a ganfuwyd ar uchder uchel ar ynys folcanig Pico yn yr Azores
(Portiwgal) ac yn Les Deux Alpes yn Alpau Ffrainc. I ddechrau, rwy'n adnabod presenoldeb rhywogaethau ar hyd
Mae trawslun hydredol yn cymharu amrywiaeth a llinach rhywogaethau, cyn ymchwilio i reoleiddio genynnau
rheoli ac addasu genomig rhwng poblogaethau uchder uchel ac isel i nodi a yw'n uchel
Mae poblogaethau uchder wedi cael mantais genetig i'w cefnder uchder isel neu os yw'r cyfan
Mae gan lyngyr ei tu mewn iddynt oroesi os rhoddir amser iddynt gronni.
Trawsnewidiadau altitudinal o ddau fynydd parth tymherus eu cynnal, yn Les Deux Alpes a
Pico, i nodi presenoldeb a digonedd o rywogaethau. Y ddwy rywogaeth fwyaf niferus, Lumbricus
ymchwiliwyd i terrestris ac Aporrectodea caliginosa i adnabod amrywiaeth a rhywogaethau
llinach i benderfynu pa rywogaethau a ganiateir yn well ar gyfer addasu a chyflymu
ymchwiliadau, nad ydynt yn cael eu dylanwadu'n drwm gan amrywiaeth rhywogaethau sydd wedi'u gwreiddio'n ddwfn. Cael
Nododd A. caliginosa yn Pico fel yr ymgeisydd mwyaf addas ar gyfer ymchwilio i addasiad a
Acclimatization gyda'i amrywiaeth poblogaeth isel, datblygwyd cynulliad genom de novo
ac apwyntiwyd.
Cyflymwyd unigolion byw o A. caliginosa o safle uchder uchel ac isel ar Pico i
amodau labordy safonol am chwe mis cyn dod i gysylltiad arbrofol ag amodau
efelychu chwe chyflwr hinsoddol am bythefnos gyda thymheredd ac ocsigen fel newidynnau.
Perfformiwyd RNAseq ar yr RNA a gymerwyd o transect corff (gan gynnwys cyhyrau, nerfau a
meinweoedd perfedd) o'r llyngyr arbrofol agored, a mynegiant genynnau gwahaniaethol oedd
Cyfrifwyd ac archwiliwyd rhwng y poblogaethau uchder uchel ac isel. Er gwaethaf y ddau
poblogaethau sy'n normaleiddio mewn priddoedd union yr un fath am 6 mis, roedd gan unigolion uchder uchel is
ymateb mewn mynegiant genynnau na'r unigolion uchder isel ac awgrymodd elfen o
cyflyru epigenetig neu addasiad sy'n caniatáu ymateb mwy plastig i'r newidiadau yn
amodau. Yn benodol, HMGB1, genyn sy'n adnabyddus am ei rolau wrth reoleiddio amgylcheddol
ymatebion, roedd mynegiant cymharol is yn y boblogaeth uchder uchel na'r isel
Poblogaeth uchder pan fydd yn agored i bwysau hinsoddol uchder uchel efelychiadol. Dadansoddiad yr SNP
o ddilyniannau trawsgrifigol yn datgelu bod gan unigolion uchder uchel SNPs sy'n gysylltiedig â
genynnau a gysylltai â'r genyn hwn yn uniongyrchol gan nodi lefel o addasiad trwy SNPs a
Acclimatization trwy brimateiddio epigenetig posibl o fewn y boblogaeth uchder uchel.
Addysgu
Rwyf wedi rhoi ystumiau a hyfforddiant ar ystod eang o Biowybodeg gan gynnwys:
arbrofion RNASeq
Mynegiant genynnau gwahaniaethol anlaysis
Dadansoddiad SNP mewn organebau de novo
Dadansoddiad e-DNA
Bywgraffiad
2020: Uwch Biowybodegydd - Parc Geneteg Cymru, Prifysgol Caerdydd
2016: PhD Genomeg Moleciwlaidd - Ysgol y Biowyddorau, Prifysgol Caerdydd
2014: Cyswllt Reseach - Ysgol y Biowyddorau, Prifysgol Caerdydd
2012: Efrydiaeth ymchwil - DMPK, Vernalis
2010: BSc Biocemeg - Ysgol y Biowyddorau, Prifysgol Caerdydd